이토모리 마을의 미츠하와 도쿄의 타키는 몸이 뒤바뀌고, 혜성이 떨어지기 전 시공을 초월해 서로를 구하기 위해 만난다. 호다카는 도쿄에서 맑음 소녀 히나를 만나고, 토리이를 지나 그녀를 데려오지만 그 대가로 도쿄의 절반이 폭우에 잠긴다. 스즈메는 요석을 뽑고, 의자로 변한 소타와 함께 문단속 여정에 나서며, 저세상에서 유아용 의자를 어린 시절의 자신에게 건넨다.
“벚꽃이 떨어지는 속도는 초속 5센티미터, 그렇다면 두 마음이 가까워지는 데는 얼마나 오랜 시간이 걸릴까?”